Das BonaRes-Zentrum hat verschiedene koordinierende Aufgaben im BonaRes-Förderprogramm. Dazu gehört insbesondere die Öffentlichkeitsarbeit mit dem Ziel, die Sichtbarkeit des Bodens als essenzielle Ressource für die Bioökonomie zu fördern. Sie umfasst u.a. die Bereitstellung von Inhalten für das BonaRes-Portal, die Präsentation der Aktivitäten im Förderprogramm in den Medien, auf wissenschaftlichen Konferenzen, Messen und auf anderen öffentlichen Veranstaltungen.
Weiterhin kümmert sich das BonaRes Sekretariat um interne Koordinationsaufgaben. Dazu gehören die Kommunikation mit den BonaRes-Verbundprojekten, den Vertretern der wissenschaftlichen Steuerungsgruppe, und des wissenschaftlichen Beirats, sowie die Ausrichtung von Statusseminaren und Konferenzen, die Organisation von Workshops und gemeinsamen Publikationen, sowie die nationale und internationale Vernetzung mit anderen Forschungseinrichtungen und Organisationen.